Không có bộ quy ước chung cho việc đặt tên của hội chứng mới được xác định. Trong quá khứ, các hội chứng này thường được đặt tên sau khi các bác sĩ hay nhà khoa học xác định và mô tả điều kiện trong một ấn phẩm ban đầu, chúng được gọi là "hội chứng cùng tên" - "eponymous syndromes". Trong một số trường hợp, bệnh được đặt tên sau khi bệnh nhân ban đầu được mô tả với các triệu chứng đó.[5] Đã có trường hợp cá biệt, bệnh nhân mong muốn có hội chứng đặt tên theo họ, trong khi các bác sĩ đang do dự,[6] hoặc tên của hội chứng đặt theo tên một địa điểm, ví dụ thủ đô Stockholm, Thụy Điển (Hội chứng Stockholm). Khi một hội chứng được đặt theo tên một người, có một số quan điểm khác biệt có nên để hình thức sở hữu tiếng Anh - English possessive hay không ("Hội chứng Down" với "hội chứng của Down" - Down syndrome vs Down's syndrome). Việc sử dụng tên hội chứng ở Bắc Mỹ có xu hướng thiên về hình thức không sở hữu, trong khi tài liệu tham khảo châu Âu thường sử dụng sở hữu.[7] Ngay cả ở châu Âu, đã có một xu hướng dùng hình thức sở hữu, trong khoảng thời gian giữa năm 1970 và 2008.[7]